COVID-19: Jäteveden tutkimukset SARS-CoV-2: n hallitsemiseksi

Koronavirusmutaatiot on havaittava varhaisessa vaiheessa uudella jäteveden analyysimenetelmällä. (Kuva: phonix_a / stock.adobe.com)

Tunnista uudet koronavirusmutaatiot jätevesistä

Tuoreen tutkimuksen mukaan SARS-CoV-2-koronaviruksen variantit voidaan havaita uuden jätevesianalyysin avulla. Tämä menetelmä voisi paljastaa koronavirusmutaatiot varhaisessa vaiheessa, jo ennen kuin ne paljastetaan kliinisen sekvensoinnin avulla.

'

SARS-CoV-2-mutaatiot, kuten B.1.17-kanta, joka on laajalle levinnyt Isossa-Britanniassa, ovat merkittävä uhka koronaviruspandemiassa.Amerikkalaisen mikrobiologiayhdistyksen tutkijat esittävät nyt uuden menetelmän, jolla tällaisia ​​virusvariaatioita voidaan havaittu nopeammin: Jäteveden viruksen genomisekvensoinnin avulla voitiin löytää uusia mutaatioita ja niiden jakautuminen kaventui. Tutkimus esiteltiin äskettäin lehdessä "mBio".

Virusgenomin sekvensointi jätevesinäytteistä

Professori ja opintopäällikkö Dr. Kara Nelson kertoo uuden jätevesianalyysin toiminnasta: "COVID-19-tartunnan saaneet ihmiset erittävät SARS CoV-2: n, ja ulosteet päätyvät jätevesijärjestelmiin." Tutkijat voivat saada tietoa ottamalla ja analysoimalla infektioita saaneita jätevedenäytteitä koko väestöryhmä.

Rikastettu RNA yksinkertaistaa analyysiä

Suurin haaste tällä menetelmällä on suodattaa SARS-CoV-2: n geneettinen signaali miljardeista muista jätevesissä olevista signaaleista, jotka voivat tulla monenlaisista bakteereista ja viruksista, joita ihmiset erittävät joka päivä. Tämän esteen voittamiseksi tutkijat käyttivät uutta menetelmää jäteveden ottamiseen. Jäteveden näytteet valmistetaan suoraan sekvensointia varten. "Sen sijaan, että sekvensoimme kaiken käytettävissä olevan suoraan, käytimme rikastamismenetelmää, jossa yrität ensin rikastaa sinua kiinnostavaa RNA: ta", kertoo Dr. Nelson.

Tehokas ja puolueeton

Jätevesinäytteiden ottaminen on tehokas ja puolueeton tapa saada tietoa. Lisäksi menetelmä ottaa huomioon myös ihmiset, joita ei ole testattu klinikalla. "Tiedämme, että on ihmisiä, joilla on oireettomia infektioita ja joita ei ehkä koskaan testata", Nelson sanoo. Tämä ihmisryhmä voidaan sisällyttää tutkimuksiin sekvensoimalla jätevesi.

Onnistunut testi San Franciscossa

Uusi prosessi on jo testattu Yhdysvaltojen San Franciscon (Bay Area) jätevedellä. Jätevedestä havaitut SARS-CoV-2-genotyypit olivat identtisiä genomien kanssa, jotka tunnetaan alueen kliinisestä sekvensoinnista. Lisäksi jätevedessä havaittiin eristettyjä nukleotidivariantteja, joita ei ollut vielä havaittu kliinisellä sekvensoinnilla. Tutkijoiden mukaan tämä on todiste siitä, että jäteveden sekvensointi voi seurata uusien viruslinjojen käyttöönottoa jo ennen kuin ne löydetään kliinisessä ympäristössä.

Tunnista koronavirusvaihtoehdot varhaisessa vaiheessa

"Jos otat näytteen jätevedestä, saat kattavampaa ja vähemmän vääristynyttä tietoa väestöstä", korostaa Dr. Nelson. Tutkimus viittaa siihen, että jätevesinäytteiden sekvensointi tarjoaa aikaisemman mahdollisuuden paljastaa uusia virusvariaatioita.

Tunnista SARS-CoV-2 jätevedestä

Maaliskuun 2020 lopussa englantilaisen Cranfield-yliopiston tutkijat huomauttivat, että SARS-CoV-2-koronavirukset voidaan havaita populaatioissa käyttämällä jäteveden testausmenetelmiä. Löydät lisätietoja tästä artikkelista: Koronavirukset, jotka voidaan havaita jätevesistä uudella testimenetelmällä. (vb)

Tunnisteet:  Sisäelimet Raajat Oireet